При необходимости удалить файл из проекта, удобнее всего использовать IDE, но не всегда такая возможность есть.
Поэтому можно использовать git rm для удаления файла, и уже знакомые нам git commit и git push для синхронизации изменений:
Оглавление цикла статей по Git.
Надеюсь озвученная информация будет полезной, а если нужна будет помощь — используйте форму на главной странице моего сайта.